崇真書院在2003年參加「香港健康學校獎勵計劃」，並先後於2004及2014年榮獲金獎，透過培訓健康大使團隊，於校內校外組織多元化的健康推廣活動；透過參加消防處「愛心校園心肺復甦法訓練計劃」推廣助人精神；透過疫苗注射及開心果日推廣，讓學生負起個人健康責任，同時推動全體教職員、學生及家長參與，以建立修德進業、榮神益人的健康校園文化。
 

自2019年開始，本校參加衞生署推行為期兩年的「健康促進學校計劃」，透過學校各成員通力合作，令校園成為一個有益於生活、學習及工作的健康環境。
 

同時，健康教育組透過與校外團體合作，為學生提供不同的健康課程及活動，如與香港青年協會合作的「認識自己」工作坊、香港進食失調協會「吃出美麗人生」計劃及由香港大學提供的健康大使培訓計劃等；校內設有健康教育中心，為一個多元化學與教的場地，主要為教職員、家長及學生進行健康推廣活動，包括健康資訊工作坊、疫苗注射、舉辦親子健康烹飪班等；崇真伊甸園為不同科目學習的場所，亦開放予幼稚園及小學參觀，務求善用校內外資源，共同推廣健康文化。