崇真書院始創於一九五零年，為基督教香港崇真會屬下教會深水埗崇真堂所興辦。原校座落於深水埗大埔道，初為一不牟利之私立中學，於一九七八年，獲政府批准轉為全津貼中學。一九九二年，本校由深水埗遷入屯門，當時僅開設中一及中四兩級；其後兩年間，已發展為一間具有中一至中五基本班級結構之中學。一九九四年乃本校屯門之學生第一次參加中學會考；而中六級則於九七年開辦，一九九九年乃屯門之中七級學生第一次參加高級程度會考。隨著中學學制之變更，本校中六學生於二零一二年參加第一屆香港中學文憑考試。回顧過去二十多年，本校學生之質素日漸提升，公開試的成績亦明顯穩步向上。二零零三年，本校成為香港第一所世界衛生組織所認許之「健康學校」，並於二零一四年再獲殊榮。二零零六及二零一三年，本校接受校外評核(ESR)，在不少工作上獲得高度評價。本校過去在深水埗區辦學，凡五十載，深得區內量坊眾及家長支持，而在屯門區辦學亦逾二十載，校譽亦可謂與年並進。本校畢業生於香港及海外各行各業中幸有成就者，亦大不乏人。本校秉承以往之優良傳統，在教育植根，亦善用教育資源，悉力為社會培育人才。